Existem duas versões sobre a origem de Itapecerica da Serra. A primeira delas foi relatada em 1752 pelo jesuíta Manoel da Fonseca no livro A vida do venerável padre Belchior de Pontes. Segundo esse relato, Itapecerica teria surgido a partir da instalação de um aldeamento catecúmeno seiscentista pela Companhia de Jesus. Índios do aldeamento de Carapicuíba teriam sido transferidos para Itapecerica e entregues à orientação do padre Belchior de Pontes. Ordenado na Bahia em 1983, mas logo transferido para o sul, o padre Belchior teria sido escolhido para organizar o novo aldeamento por ser um conhecedor das línguas nativas, exercendo inclusive um papel intermediador entre indígenas e fazendeiros.
Uma outra versão sugere que o aldeamento de Itapecerica teria sido estabelecido já no século XVI, por volta de 1562, com o objetivo de apaziguar revoltas indígenas que culminaram com um ataque ao Colégio Piratininga. Embora menos aceita por não estar tão bem fundamentada em documentação histórica como a anterior, alguns historiadores reforçam essa versão ao proporem a datação da primeira capela do aldeamento como sendo meados do século XVI. Controvérsias ainda persistem devido à falta de documentação histórica, grande parte da qual teria sido destruída ou extraviada por ocasião da expulsão da ordem jesuítica do Brasil.
É consensual, no entanto, o fato de os jesuítas terem fundado importantes aldeamentos a partir do atual Bairro de Pinheiros, da capital paulista, em direção à Carapicuíba, Cotia, M'boy (Embu) e Itapecerica, abrindo espaço para a colonização branca.
